由于诺蕾雅的失控行为，阿斯提卡西亚高等专门学园因此崩坏。幸存的学生们在不得已的情况下，过着边等待救援边避难的生活。此时斯莱塔积极进行着学园的修复工作。另一边，自地球返回的米奥莉奈则深陷于沉重的罪恶感中。